《中国医学大成》的编纂对中医事业做出了巨大的贡献。首先，整理保存了大量的中医经典秘籍。是书搜求博采秦汉至清末的海内孤本、珍本、抄本，殆有万余种，约集名医，精校圈点，厘订精选365种。其所选之书，皆医籍中之精华，如医经类有《黄帝内经素问集注》、《黄帝内经灵枢集注》等；本草类有《神农本草经》、《本草衍义》、《雷公炮制药性解》等；伤寒金匮类有《伤寒贯珠集》、《伤寒补例》、《伤寒来苏集》、《金匮要略心典》等；温病类有《温热逢源》、《瘟疫论》等；通治类有《医学心悟》、《周慎斋医书》、《医学源流论》等；医案医话类有《柳州医话》、《吴鞠通医案》等；此外尚有临床各科、生理、病理、诊断等重要书籍。其次，系统完善了中医理论体系。曹氏将其所选医籍分为13类，每一类之中则按朝代先 后为序，每一种书之前有提要，简介全书要点，这样，尽管全书博大，但条理清晰、系统连贯，阅一书则遍览历代医论，窥一类则尽知各家学说，中医精论全在此书之中。再次，普及推广了中医学术理论。当时正值废止中医案起之时，中医学术低迷衰微，此书的出版无疑是一支兴奋剂，使整个中医界振奋起来，叹为观止。不仅如此，就对提高整体中医素质，使之立于不败之地而言，此书同样作出了巨大贡献。凡治医者，非博览存书，无以阐明医术，医术不精，何谈着手成春？然秦汉至今，医书逾万，即使毕生考校，犹恐不能，况且一般人所购医书，版本不良，校勘不精，错误百出，怎能精通医理？此书一出，实为业医之准绳，医门之法律，而被称为“寿世宝藏，医林巨观”。即使现在也同样如此！